Что с перцем?

Однозначно это солнечный ожог. Это заметно по признакам. Кстати, иногда он возникает не только в том случае, когда перчики находятся под прямыми лучами солнца, но и если при поливе на плоды попадает вода. Поэтому просто правильно поливайте и затеняйте кусты в солнцепёк. Вообще о болезнях перца почитайте тут. 

Похоже на Альтернариоз на начальной стадии. Для лечения можно использовать Фитоспорин, Гамаир или Бактофит.